Los dominios adicionales son dominios que puede tener en su cuenta junto al dominio principal sin necesidad de contratar otro plan ni tener un plan reseller.

Estos nuevos dominios apuntaran a carpetas en su sitio, de tal manera que cuando usted configura un dominio adicional desde su CPanel, por ejemplo, www.midominioadicional.com al colocar el mismo en su navegador la gente vera los archivos de su sitio colocados en la carpeta midominioadicional.

Para añadir un dominio adicional, vaya a su Cpanel >> Dominios Adicionales e ingrese los datos para un nuevo dominio adicional.

Recuerde que es conveniente que el dominio apunte a nuestro servidor.

¿Un dominio adicional tendra una url del tipo http://www.midominioadicional.midominio.com?

No, un dominio adicional tiene una url propia, o sea http://www.midominioadicional.com ya que se trata de un dominio propio independiente, con las unicas limitaciones de que no puede crear cuentas de correo propias, ni tener acceso FTP propio en esta modalidad.

Al entrar a mi dominio adicionado veo carpetas y no los archivos del mismo

Cuando adiciona un dominio, el sistema crea una carpeta para el mismo. Dicha carpeta esta dentro de public_html.

De tal modo que podria acceder a su dominio adicional mediante www.midominioadicional.com o mediante www.misitio.com/midominioadicional

Es dentro de esa carpeta que debe enviar todos los archivos que desea sean visibles. Por ende, el error que le da se debe a que no subio la index.htm a esa carpeta.