Dependiendo del tipo de papiloma, la zona afectada es distinta: las manos, los pies, la zona anogenital, las axilas, o cualquier otra parte del cuerpo.

Las verrugas plantares, que aparecen en las plantas de los pies, también son llamadas ojos de pescado. Las verrugas de la zona anogenital se denominan condiloma acuminado. No existe un tratamiento específico del papilomavirus. Las verrugas pueden desaparecer espontáneamente. Los tratamientos se basan en la destrucción local del tejido.

Técnicas de tratamiento
Criocirugía (congelación del tejido) generalmente se usa nitrógeno líquido o dióxido de carbono sólido (hielo seco) (actualmente, a pesar de ser doloroso, continúa siendo uno de los tratamientos más efectivos y seguros para la erradicación de las verrugas). La crioterapia suele doler a algunos pacientes.
Medicaciones tópicas (ejemplos: duofilm, duoplant).
Electrodesecación (poco recomendable porque siendo una enfermedad benigna, tiene mucho el riesgo de generar cicatrices poco estéticas).
Extirpación quirúrgica (actualmente en desuso por el riesgo de diseminación viral y alto índice de recidivas). No es tan efectiva.
Láser (aunque se corre el riesgo de volatilización de las partículas virales y contagio de las vías respiratorias).